Лечение хлoмидиоза в настоящее время сводится к использованию комплексного сочетания антибактериальной терапии, с включением современных препаратов последних поколений, проникающих через клеточную мембрану. В лечении хлoмидиоза применяются иммуномодуляторы, так как хлoмидии воздействуют на иммунную систему и угнетают её.  В каждом конкретном случае хлoмидиоза должна составляться индивидуальная схема лечения, которая будет учитывать характер хлoмидийной инфекции, чувствительность хлoмидий к антибиотикам (определяется на основании показателя посева на чувствительность к антибиотикам), наличие сопутствующих инфекций, тяжесть и длительность хлoмидиоза, его локализацию - какие органы поразила инфекция.

В лечении хлoмидий необходимо использование ферментных препаратов, протеолитических средств, адаптогенов, витаминов, гепатопротекторов, препаратов - пробиотиков, защищающих желудочно - кишечный тракт от развития дисбактериоза. Не последнюю роль в лечении хлoмидиоза играет и местное лечение в виде инстилляций лекарственных средств в мочеиспускательный канал, ванночек, клизм, ректальных свечей, вагинальных тампонов и суппозиториев.  Ферментные препараты назначаются с целью восстановления проницаемости мембран больных клеток, таким образом, в клетку поникает более высокие концентрации антибиотиков при меньших дозах их применения.

В лечении хлoмидий в последнее время в подавляющем большинстве случаев используются многочисленные физиотерапевтические воздействия: квантовая терапия, ультразвуковое воздействие, магнитное поле, инфракрасное излучение, токи переменной частоты, электрофорез, ионофорез лекарственных веществ.

Эфективность лечения хлoмидиоза зависит от пути введения лекарственных препаратов: внутривеннный и внутримышечные пути введения лекарств являются приоритетными, так как в этом случае повышается биодоступность препарата, и он максимально распределяется в клетках. Доза антибиотиков, использующихся для лечения хлoмидиоза, должна быть тщательно выверена, так как субтерапевтические дозы, а также некоторые группы лекарственных средств приводят к формированию форм хлoмидий, устойчивых к лечению и персистенции хлoмидий в организме.

Лечение хлoмидиоза, ассоциированного с гонореей , препаратами группы пенициллина может стать причиной рецидива хлoмидиоза или его бессимптомного носительства.
хлoмидии часто сочетаются с другими ЗППП - сифилисом, гонореей, трихомониазом, микоплазмозом, уреаплазмозом, молочницей.
Сочетание хлoмидиоза с трихомониазом или гарднеллезом требует первоочередного лечения трихомониаза или гарднереллеза и только затем - хлoмидиоза. По окончании курса лечения хлoмидийчерез 20-25 дней проводятся контрольные анализы на хлoмидию.
При повторном обнаружении хлoмидий требуется дополнительный курс лечения хлoмидиоза. При отрицительном анализе на хлoмидиоз, контроль в последующем проводится 1 раз в месяц в течение 2 месяцев, у женщин - перед или во время менструации.

Хлoмидиоз считается излеченным при отсутствии клинических симптомов заболевания, морфологических изменений в области наружных и внутренних половых органов, стойкой нормализации лейкоцитарной реакции, наличию клинико-микробиологического излечения. Установление излеченности урогенитального хлoмидиоза следует проводить с учетом метода диагностики. Культуральное исследование, нельзя проводить ранее 14-20 дней после окончания антибиотикотерапии, чтобы не получить ложноотрицательный результат. Прямую иммунофлюоресценцию, ПЦР - (ДНК-анализ) нельзя выполнять ранее 3 - 4нед, чтобы не получить ложноположительных результатов из-за сохранения нежизнеспособных микроорганизмов или их остатков.

Чтобы предотвратить распространение хлoмидий, всех женщин перед родами и абортами проверяют на хлoмидиоз. Пары, собирающиеся планировать семью, должны в обязательном порядке обследоваться на скрытые инфекции, в том числе хлoмидийную. При обнаружении хлoмидий, лечение хлoмидиоза проводится обоим партнерам.

Если лечение хлoмидиоза начать сразу, в острой его форме, лечение обычно не бывает сложным и заканчивается, как правило, полным излечением. Если хлoмидиоз перешел в хроническую форму, либо постоянно рецидивирует, лечение этих форм достаточно сложное: хлoмидии успевают выработать "иммунитет" к стандартным методам лечения, и требуются дополнительные временные и материальные затраты на разработку успешной методики лечения этих форм хлoмидиозов.